alarmشنبه 16 آذر 1398 - 04:59

Saturday 7 December 2019 - 04:59alarm

alarmالسبت 9 رَبيع الثاني 1441 - 04:59

برگزاری سخنرانی علمی در موسسه تحقیقات علوم دامی کشور

به گزارش روابط عمومی موسسه تحقیقات علوم دامی کشور: سخنرانی علمی با عنوان "بررسی تنوع ژنتیکی و ساختار جمعیتی توده های گاومیش ایران با استفاده از نشانگرهای متراکم SNP " با حضور دکتر بنابازی معاون پژوهشی موسسه و سرپرست بخش ژنتیک، دکتر آقا شاهی رئیس بخش تحقیقات تغذیه و شماری از اعضای هیئت علمی در تاریخ 14 شهریور ماه جاری در سالن جلسات موسسه تحقیقات علوم دامی کشور برگزار شد.

alarmدوشنبه 19 شهریور 1397 - 09:48 comment0 remove_red_eye142

برگزاری سخنرانی علمی در موسسه تحقیقات علوم دامی کشور

 

 

 

به گزارش روابط عمومی موسسه تحقیقات علوم دامی کشور: سخنرانی علمی با عنوان "بررسی تنوع ژنتیکی و ساختار جمعیتی توده های گاومیش ایران با استفاده از نشانگرهای متراکم SNP " با حضور دکتر بنابازی معاون پژوهشی موسسه و سرپرست بخش ژنتیک، دکتر آقا شاهی رئیس بخش تحقیقات تغذیه و شماری از اعضای هیئت علمی در تاریخ 14 شهریور ماه جاری در سالن جلسات موسسه تحقیقات علوم دامی کشور برگزار شد.

  

سخنران این جلسه دکتر جواد رحمانی نیا بود که چکیده این سخنرانی به شرح زیر می باشد:

  

هدف از اجرای این تحقیق استفاده و به کار گیری روشی کارآمد و سریع و در عین حال پر قدرت در تعیین ساختارهای جمعیتی با استفاده از اطلاعات نشانگری سراسر ژنوم حاصل از تراشه نشانگری متراکم (SPN) (Axiom Buffalo Genotyping 90K)  در گاومیش های ایرانی بود. ساختار ژنتیکی جمعیت در طی تکامل دست خوش تغییر شده و در درک این ساختار در روند کلی تکامل و برای گسترش جهش های مفید بسیار موثر است. عوامل مختلفی از جمله جهش، مهاجرت و اختلاط جمعیتی سبب تنوع ژنتیکی می شوند و آثار متقابل این عوامل باعث ایجاد جوامع و خرده جمعیت های مرتبط می شوند. از طرفی بررسی خرده ساختارهای جمعیتی در مطالعات پیوستگی با پویش کل ژنوم برای کاهش ارتباطات کاذب مهم می باشد. این بررسی از این جهت مهم است که اولین مرتبه گاومیش های ایرانی برای بررسی ژنومی مورد تعیین ژنوتیپ قرار می گرفتند و لذا پیش از هر کاری نیاز بود که ساختار جمعیتی آن ها با استفاده از روش هایی که قادر باشد از همه نشانگرها و در عین حال برای تعداد زیادی حیوان تجزیه و تحلیل انجام دهد، معین گردد. ازآنجایی که روش های مرسوم مبتنی بر اطلاعات از پیش دانسته ی انسابی افراد و فرضیه های اساسی هستند که غالباً به ساختار طبیعی جمعیتی توجهی نمی کنند، لذا شناسایی گروه هایی با پروفایل ژنتیکی مشابه یکی از چالش های عمده در ژنتیک جمعیت می باشد. از طرفی چالشی که در مورد دام های بومی همیشه مطرح است، عدم ثبت اطلاعات نیاکانی و شجره ای مناسب است که در این تحقیق و در گونه گاومیش نیز این چالش وجود داشت، لذا با بررسی منابع علمی، روش خوشه بندی جدیدی که در دسته روش های بدون نظارت قرار داشته و می تواند بدون اطلاعات پیشین اجدادی، در اختصاص افراد به جوامع خود ما را یاری دهد، به نام روش خوشه بندی فوق پارامغناطیسی (SPC) مورد مطالعه و بررسی قرار گرفت. در ابتدا رویه ی SPC بر روی یک مجموعه نشانگری دارای SPN های کل ژنوم با تعداد 62143 عدد SPN که 404 نمونه گاومیش ایرانی از سه توده مفروض برای آن تعیین ژنوتیپ شده بودند، بکار برده شد. اجرای SPC بر روی داده های موجود، سبب شد که به طور موثری حیوانات را به جمعیت های خاص خود اختصاص داده و همزمان ساختار جمعیتی در درون و بین نژآدها مشخص شود. همچنین با توجه به نمودار شیب حرارتی، در طی یک ساختار سلسله مراتبی، خرده ساختارهای جمعیتی نیز معین و جدا شدند. در صورتی که افراد بنیانگذاری در جمعیت موجود بودند که تعیین ژنوتیپ شده بودند، حتی از روی جریان ژنی، این الگوریتم قادر خواهد بود که این افراد را تشخیص دهد. این مهم با مشخص شدن حیواناتی که رابط بین دو یا چند جامعه هستند محقق می شود. با استفاده از این روش خوشه بندی حیوانات به جمعیت ها و حتی خرده جمعیت های مربوطه بدون داشتن هیچ گونه اطلاعاتی از پیشینه انسابی دام ها انجام شده که اطلاعات حاصل با شرح حالی که در هنگام نمونه برداری دام ها از دامداران تهیه می شد، تطابق مناسبی داشت و لذا می توان گفت که روش حاضر می تواند توصیفی مناسب از ساختار سلسله مراتبی جمعیت های مورد بررسی ارائه دهد.

  

علاوه بر آن ، کاربرد و شناسایی نشانگرهای مهم و موثر برای اختصاص حیوانات در گروه های نژادی و جمعیتی مربوطه نیز مورد بررسی قرار گرفت تا شاید بتوان از این طریق نشانگرهایی را یافت که نشانه های برای گزینش در درون توده های گاومیش موجود ایران باشند و در عین حال بررسی نمود که آیا می توان نیاز به تعیین ژنوتیپ برای همه جایگاه های نشانگری را به تعداد کمتری نشانگر تقلیل داد یا خیر. برای این منظور، پس از انجام آنالیز SPC بر روی جمعیت های تشکیل دهنده توده های گاومیش ایرانی و تعیین مقدار بهینه K-NN، کاربرد الگوریتم SPC بر روی پنل های SNP با تراکم پایین تری از نشانگر به وسیله ی معین کردن SPN هایی که دارای بیش ترین امتیاز با استفاده از الگوریتم پاسچو بودند (شامل نشانگرهای اختصاصی جمعیت که آن ها را PCA informative SNPs می نامند (PCAIMs) مورد مطالعه قرار گرفت. برای تعیین مطابقت بین پاسخ های SPC برای تعداد مختلف PCAIMs، از شاخص Rand استفاده شد و با توجه به تمام جمعیت های اصلی و خرده جمعیت ها، مجموعه ای کاهش یافته متشکل از 20000 نشانگر برای استفاده جهت اختصاص افراد به جمعیت های مربوطه با 99 درصد اطمینان پیشنهاد شد.

 

 

 

  

روابط عمومی موسسه تحقیقات علوم دامی کشور

 

 

 


fiber_new13 آذر 1398: بررسی بروندادهای بخش های تحقیقاتی در شورای پژوهشی موسسه تحقیقات علوم دامی کشور fiber_new12 آذر 1398: شرکت نمایندگان موسسه تحقیقات علوم دامی کشور در نخستین جشنواره بز مهابادی اردستان fiber_new11 آذر 1398: معرفی اپلیکیشن ساربانیار به عنوان سیستم همیار شترداران (سامانه بهره­ ور شتر) fiber_new11 آذر 1398: برگزاری روز مزرعه سیلوی یونجه با همکاری موسسه تحقیقات علوم دامی کشور fiber_new10 آذر 1398: برگزاری جلسه ارایه عملکرد شش ماهه نخست سال 1398 معاونت برنامه ریزی و پشتیبانی موسسه تحقیقات علوم دامی کشور
location_onکرج، سه راه رجائی شهر، خیابان شهید بهشتی، روبروی دهقان ویلای اول، کد پستی: 3146618361
منوی سیستم close
vpn_key پنل مدیریتی keyboard_arrow_down
group سامانه کاربران keyboard_arrow_down
school سامانه پرسنل keyboard_arrow_down
close

پشتیبانی فنی

در صورت بروز مشکل در هریک از سرویس ها میتوانید بصورت 24 ساعته در 7 روز هفته با استفاده از فرم زیر و یا راه های ارتباطی درج شده در انتهای فرم با ما در تماس باشید:

مشکل و یا پیام خود را در این بخش وارد نمایید.

mail kooshyar.asri@gmail.com

phone_android 0935-1292903

phone026-34256001-5 (داخلی:386)

close

انتقادات و پیشنهادات

لطفا انتقادات و پیشنهادات خود را در قالب فرم زیر تکمیل و ارسال فرمایید.

close
مراکز استانی موسسه تحقیقات علوم دامی کشور

لطفا استان مورد نظر خود را از روی نقشه انتخاب نمایید:

close
خدمات پرسنلی

لطفا بخش مورد نظر خود را انتخاب نمایید:

desktop_windows

اتوماسیون اداری

mail

پست الکترونیکی

monetization_on

فیش حقوقی

کانون بازنشستگان

close
سامانه ها

لطفا سامانه مورد نظر خود را انتخاب نمایید:

book

سامانه انتشارات

storage

بانک اطلاعاتی طرح ها

widgets

سامانه سمپات

map

سامانه اطلاعات مکانی نژادهای دام و طیور بومی کشور